Zdrava in raznolika črevesna flora ni pomembna le za prebavo, temveč ima odločilno vlogo tudi pri razvoju imunskega sistema.
Odločilno zorenje črevesne flore se začne ob rojstvu, ko mati prenese bakterije iz svoje mikrobiote na dojenčka. Po rojstvu na sestavo črevesne flore vpliva predvsem otrokova prehrana (ali je hranjen z materinim mlekom oziroma adaptiranim mlekom), pa tudi okolica, na primer, ali biva s sorojenci oziroma domačimi živalmi.
Posegi v črevesno floro v tem kritičnem obdobju, denimo z uporabo antibiotikov, imajo lahko dolgoročni vpliv na poznejše zdravje, saj lahko povečajo tveganje za alergije, astmo ali težave s telesno težo. Iz tega razloga je še posebej smiselno podpreti razvoj zdrave črevesne flore že v zgodnji fazi odraščanja.